医神保生大帝吴夲与瘟君本是同门师兄，千年斗法。天庭如人间，小人当道，君子被贬，落在下风的瘟君设计挑
拨众神仙向玉帝告状，说保生大帝管了太多人间闲事，玉帝发怒将保生大帝打入凡间，并下旨交代一项“不可能的任务”，把一个品行
顽劣的医官培养成一代名医，才能重返天界，恢复神籍。从此，医神变为郎中，混混成了徒弟，一对神差万里的师徒开始行走江湖，医疗众生。
虽然失去了神力，但成为郎中吴夲的“保生大帝”仍然医术高明，充满智慧。善良美丽豪爽泼辣的渔家女三红成了追随吴夲的“红颜知己”，被瘟君逐出的魔界黑龙白虎也成了吴夲的左膀右臂。于是，从民间到皇宫，从凡尘到天庭，吴夲带着师徒四人和瘟君斗智斗勇。
瘟君以为害人间为能事，吴夲却要处处顾及百姓黎民，一个传播病魔，一个要治病救人，然而吴夲总能后发制人，在行医用药上总比瘟君高，在计谋上，也胜瘟君一筹。在这个过程中，顽劣的二举渐渐成熟了，不仅学会了医理药理，也懂得了做人和为世的道理，最终成为一代名医，并通过了天庭苛刻的考试，吴夲终于恢复了神 籍，二举也升天成仙。
瘟君大败，也被贬为凡人，但他并不善罢甘休，他的野心是练成危蛇星宿大法，魔界人间，唯我独尊。于是，成为凡人的瘟君和恢复神力的保生大帝再次斗法，他利用保生大帝新收的徒弟四进、一秀的单纯和好胜，重返魔界，打入天庭。就在瘟君即将练成邪恶的大法，一统人魔二界之时，功亏一篑，因为自己的贪心和野心被保生大帝打败，同时也再次证实：“为医之道，仁心仁术；为世之道，邪不胜正”。