一艘开往武汉的客轮即将启航。被“四人帮”关押了6年的诗人秋石成为“钦点”的要犯，正被一男一女押送上船。他自知此行路途艰险，眷恋地回顾着这座云遮雾掩的山城，这里，有他死去的爱妻，还有一个尚未见过面的孩子…… 三等舱里，8个人萍水相逢，开始了水上行程。这里有卖身还债、哀怨愁苦的农村姑娘杏花；有好心地告诫别人“祸从口出”，但仗义执言的品性，又在不时给自己惹来祸端的女教师；有被无情斗争折磨得犹如惊弓之鸟的京剧老艺人关盛轩；有千里迢迢赶来祭奠儿子的农村老大娘，老人的儿子“抗日、打老蒋都没死”，却死于武斗，葬身在湍急的大江涡漩中；有始而上当受骗，继而觉醒，在那个“不时兴讲正经”的时代，以玩世不恭的特殊方式表露爱憎的青年工人宋敏生，有秋石和男女二解差李彦、刘文英；偶尔还有个衣衫褴褛的小女孩不时出现。 秋石是位知名诗人，“文化大革命”以来，被抄、被打、被抓，妻子饱尝株连之苦，过早地离开了人世，留下了一个从未见过爸爸的五岁的小女儿娟子…… 电影连环画《巴山夜雨》封面　人们同情秋石，厌恶解差，尤其厌恶唯我独尊的刘文英。 江上，天气变幻莫测。午间，宋敏生还在阳光下上岸采来一捧野菊，奉献给他所敬重的诗人，晚间，却风雨如晦，电闪雷鸣。一直低首垂泪的杏花对生活完全绝望，终于趁大雨滂沱之际，投江自尽。收敛起个人的痛苦，时刻都在关注他人的秋石，立即发现了杏花的失踪，奋身跳水相救，并用自己的身世遭遇来激励她：一定要坚强地活下去。 秋石的思想、行为从根本上动摇了刘文英以往的“信念”，认识到自己原来是个“精神上的囚徒”。当她得知那个孤苦无依、四处流浪的小女孩正是秋石的女儿时，决心援救这对父女。 最后，在船长、乘警以及李彦等全船人的通力协助下，秋石背着女儿，在宜昌上岸，走向了祖国的大地。